Основу современных представлений о возникновении многоклеточных организмов составляет гипотеза фагоцителлы, разработанная И. И. Мечниковым.

В соответствии с этой гипотезой многоклеточные организмы произошли от колониальных простейших-жгутиконосцев. Среди клеток такой колонии существовали движущие клетки, снабженные жгутиками, и питающие - фагоцитирующие добычу и уносящие ее в глубь колонии. Впоследствии и3 наружного слоя клеток, выполнявшего покровную и двигательную функции, образовалась эктодерма - покровная ткань, а из клеток, занимавшихся пищеварением, - энтодерма. Часть клеток, которая специализировалась па функции размножения, стали половыми клетками. Подтверждением данной гипотезы является существование фагоцителлоподобного организма - трихоплакса.