К прокариотам относятся бактерии и цианеи (сине-зеленые водоросли).

Строение бактериальной клетки значительно проще организации клетки эукариотической. Большинство бактерий имеют клеточную стенку из муреина (кроме микоплазм), под которой лежит плазматическая мембрана. Особые выросты плазмолеммы бактерий - мезосомы - представляют собой примитивные органеллы, участвующие в процессах клеточного дыхания. У фотосинтезирующих бактерий в складках и впячиваниях плазматической мембраны находятся фотосинтетические пигменты, на которых идут процессы фотосинтеза. Бактериальная клетка лишена эндоплазматической сети, рибосомы свободно лежит в цитоплазме. Генетический материал не организован в виде ядра, а представлен свободно расположенной в цитоплазме кольцевой молекулой ДНК.

По своей форме бактериальные клетки могут быть шаровидными - кокки, вытянутыми - палочки, или бациллы, и извитыми – спириллы.