Основным признаком, позволяющим разделить организмы на эти две группы, является наличие или отсутствие оформленного ядра.

У прокариот ядро отсутствует, и генетический материал, представленный кольцевидной молекулой ДНК, свободно лежит в цитоплазме.

У эукариот ядро имеется, и генетический материал окружен двойной ядерной мембраной. Основные различия этих групп организмов представлены в таблице на с. 6-7.