Построена в 1628-1651 гг. по заказу купца Григория Никитникова на месте сгоревшей в 1626 г. церкви Никиты Мученика "на Глинищах" (уцелевшая при пожаре местная икона "Никита Воин с житием" 1579 г. была перенесена Г. Никитниковым во вновь отстроенную церковь, южный придел которой был посвящен Никите Мученику). Храм был возведен рядом с двором Г. Никитникова. В 1904 г. в подклете центрального четверика был устроен придел во имя Богоматери Грузинской, икона которой (1654) хранилась в храме, отчего Троицкую церковь иногда называли церковью Грузинской Богоматери.

Церковь Троицы "в Никитниках" типичный памятник второй четверти XVII в. Это бесстолпный, пятикупольный храм на высоком подклете (центральная глава световая). По традиции с северо-востока и юго-востока к основному четверику примыкают два придела (значительно больший северный имеет трапезную, как и главный храм). Шатровая колокольня (в связи с размерами участка и местоположением церкви относительно улицы, куда она выходит южным фасадом) отнесена в северо-западный угол и соединена с трапезными крытой галереей-папертью. Все эти части храма образуют очень живописную асимметричную группу, напоминающую хоромы древнерусского деревянного зодчества.

Вход в церковь оформлен шатровым крыльцом (впервые в храмовом зодчестве), настолько полюбившимся в XVII в., что такие "хоромные" крыльца стали пристраивать и к более древним памятникам. Близость форм декора крыльца, крытой галереи, наличников двух главных окон южного фасада и внутренних порталов церкви к декору кремлевского Теремного дворца (1635-1636) и его Верхнего Золотого крыльца заставляют предполагать, что не все элементы этого сложного комплекса храма были отстроены одновременно. Завершенная в 1634 г. церковь, находившаяся при усадьбе Г. Никитникова, по-видимому, имела вход со стороны двора (входной западный портал восходит к северному порталу Благовещенского собора Кремля , но без его декора, и, вероятно, был отделан до внутренних порталов северного и южного приделов, украшенных пышной белокаменной резьбой, иначе трудно объяснить его скромные формы).

Южный придел, который был родовой усыпальницей Никитниковых, сообщался только с храмом и также не имел входа со стороны улицы, хотя и выходил на нее своими фасадами. В дальнейшем церковь была "выведена" на улицу тогда, надо думать, и были сооружены шатровое крыльцо, галерея, возможно, трапезная северного придела и усилена пышность декора южного, ставшего теперь главным фасада за счет двух сложно скомпонованных резных наличников. Произошло это уже после 1636 г., то есть после постройки Теремного дворца, знакомство с формами которого обнаруживают все эти нововведения. К 1652 г. переделки должны были быть завершены, так как в этом году уже приступили к росписи стен (кроме того, в духовной грамоте Г. Никитникова, датированной 23 сентября 1651 г., дается наказ внукам расписать церковь и написать иконы для иконостаса, следовательно, сама церковь к этому времени уже была полностью отстроена).

Богатое декоративное убранство фасадов церкви, приделов и колокольни представляет соединение старых и новых форм: ярусы кокошников уживаются с развитым антаблементом и сдвоенными полуколонками, подчеркивающими поэтажное членение; в чрезвычайно разнообразных обрамлениях окон сосуществуют традиционные формы полуколонок с кокошниками, фронтончатые наличники и "хоромные" наличники с пышным растительным орнаментом; в белокаменный декор вводятся цветные изразцы. Хорошо сохранившаяся роспись церкви была выполнена в 1652-1653 гг. Как предполагают, ее авторами были те же мастера Я. Казанец, И. Владимиров, Г. Кондратьев и С. Ушаков, которые в дальнейшем писали иконы для иконостаса (с 1657 по 1668 гг.). Они принадлежали к числу лучших царских изографов XVII в., были связаны с Оружейной палатой и участвовали в росписи кремлевских соборов (И. Владимиров в росписи Успенского собора, Я. Казанец и С. Резанец были привлечены в 1652 г. к работам по росписи Архангельского собора). Росписи обнаруживают знакомство их создателей с гравюрами Библии Пискатора, изданной в Амстердаме в 1650 г. Стенопись церкви Троицы "в Никитниках", многоцветная, свободная от канонов, насыщенная бытовыми деталями, стала образцом для росписей церквей второй половины XVII - начала XVIII в. ряда городов Ярославля, Ростова, Костромы, Вологды. Особого внимания заслуживает роспись придела Иоанна Богослова на тему Апокалипсиса, отличающаяся бурной динамикой, страстной патетикой и драматизмом. Среди икон местного ряда следует отметить образ "Богоматери Владимирской" ("Древо государства Московского") С. Ушакова и "Благовещение с акафистом" (1659) письма Я. Казанца, С. Ушакова и Г. Кондратьева.