Район Капотня унаследовал название древнейшего из сел. Впервые оно упоминается в духовной грамоте, по которой в 1336 году князь Иван Калита завещал одному из своих сыновей "село Копотеньское". Предположительно название села происходит от слова "коптить" - местные жители занимались, по видимости, рыбной ловлей и коптили рыбу. И поныне, как бы оправдывая свое древнее имя, "коптит" небо не гаснущий днем и ночью факел - в нем сжигаются отходы производства нефтеперерабатывающего завода.

Капотня является археологическим памятником древнего поселения людей - городища железного века.

На городище могли проживать одновременно от 10 до 100 человек в нескольких домах. Дом представлял собой длинное сооружение со стенами из плетня, покрытого глиняной обмазкой. Посредине помещения, вдоль продольной оси стояли толстые деревянные столбы - подпорки конька двускатной крыши. Дом разделялся на небольшие отсеки - комнаты с очагами в центре. Очаг имел овальную или прямоугольную форму с глиняными или деревянными бортиками по краям, между которыми насыпался песок. Пол жилого помещения тоже засыпался песком, а сверху покрывался толстым слоем сухого растительного материала.

На окружавших городище полях выращивали ячмень, пшеницу, просо. В еде использовалось мясо диких зверей, птиц и много рыбы. Об этом свидетельствуют кости, найденные при раскопках.

На территории капотненского кладбища сохранились следы села Копотенского. Здесь же, недалеко от церкви Рождества Пресвятой Богородицы, обнаружены два валунных надгробия - примечательная особенность христианского погоста XIV века. Основная часть средневековых погребений располагалась на Капотенском городище.

В период средневековья (XII-XVI) у стен Москвы смыкались земли семи станов. Одним из них на юго-востоке был Копотенский стан. В пределах нынешнего Юго-Восточного округа земли Капотни входят длинным клином с острым концом, ориентированным в сторону центра. От нынешнего моста МКАД через Москву-реку граница стана пролегала вверх по течению реки до бывшей деревни Чагино. Отсюда граница вела по краю Марьинской поймы вплоть до того места, где Чагинская улица выводит к Капотне и далее на север, в сторону Люблино. Справа от улицы сегодня расположен лес Жары, входящий в состав Кузьминского лесопарка. Село Копотенское в XV веке связано с Николо-Угрешским монастырем, которому оно перешло между 1423 и 1463 годами.

В Российском государственном архиве древних актов имеется копия старинного документа - "Сотная грамота с писцовых книг на Стан Копотенской" 1542-1543 года. В грамоте перечислены все 34 деревни Копотенского стана. До XIX века сохранились только село Капотня и три деревни, располагавшиеся за нынешней границей Москвы: Гремячее, Денисовская, Кишкино.

В писцовых книгах сохранилось подробное описание известного восстания крестьян Капотни, доведенных до отчаяния различными поборами и налогами монастырским игуменом Илларионом. После того как игумен потребовал денег в уплату новых налогов, крестьяне взбунтовались. 13 января 1756 года они толпой, более ста человек, пришли в монастырь, силой освободили закованных игуменом односельчан. 29 января повторили свой приход. Через день к монастырю была прислана военная команда для ареста зачинщиков. Но крестьяне, их было более 300 человек, вооруженные дубинами, атаковали солдат. Через несколько дней крестьяне обратились на имя императрицы с жалобой на монастырские притеснения. Ее подписал староста села Капотни Иван Савинов от имени 1250 человек.

Решительный шаг в наступлении на монастырские привилегии сделала Екатерина II. Согласно ее указу от 26 февраля 1764 года все земли монастырей были объявлены государственной собственностью и переданы в ведение Коллегии экономии, а целый ряд монастырей был закрыт. Теперь повинности крестьян ограничивались денежным оброком, а при Павле I крестьяне получили право избирать свое самоуправление. В это время село переведено в удельное ведомство. На глинистых и заболоченных землях Капотни урожаи зерновых со временем стали так малы, что крестьяне были вынуждены сменить посевы зерновых на более трудоемкие овощные культуры, предназначенные, главным образом, для продажи. У крестьян появились свои доходы, позволившие в 1789 году на собственные средства построить каменную церковь, действующую и поныне.

В 1882 году Товарищество Московского пароходства скупило у крестьян села Капотни и бывших удельных деревень их луга вдоль побережья Москвы-реки. Здесь, у села Беседы, началось строительство шлюза и плотины.

В начале 1890-х годов в Капотне открылась земская школа, в которой учились и дети ближайших деревень Чагино, Рязанцево, Алексеевка.

В начале XIX столетия богатое село Капотня продолжало развивать свое сельскохозяйственное производство. В двадцатом веке многовековой сельский уклад капотнинцев был нарушен строительством крупного завода по переработке нефти. Этому способствовала близость реки, позволяющая неограниченно расходовать воду, необходимую в большом количестве для проведения технологических процессов.

Капотненский нефтеперерабатывающий завод начал эксплуатироваться в 1938 году. Основной его продукцией были авиабензин, автобензин, сжиженный газ. С освоением крекинг-процесса ассортимент предприятия расширился за счет получения сырья для химической промышленности.Еще в конце 1940 годов началось широкое движение за экономию сырья, материалов и топлива, за сверхплановый выпуск продукции в счет этой экономии. Предприятие отказалось от государственных дотаций и перешло на рентабельную работу, включилось в борьбу за создание дополнительных накоплений. Внедрение новой технологии глубокой переработки нефти позволило получать смазочные материалы всех видов.

В 1960-1980-х годах Дворец культуры НПЗ в Капотне считался одним из лучших на юго-востоке города. В 1980 году в Капотне был создан большой общественный и торговый центр. В его комплексе - Дворец культуры с лекционным залом, столовая и кафе, библиотека, спортивный зал, зимний сад. Построены продовольственные и промтоварные магазины, предприятия службы быта, детские сады, ясли, поликлиника и др.

Для более чем 30-ти тысяч москвичей построено 300 тысяч квадратных метров жилой площади, преимущественно в 12-16- этажных корпусах с улучшенной планировкой квартир. Сегодня Капотня - один из развитых районов округа.